Der Junior Campus Mainz gliedert sich neben den zentralen Programmen in sechs thematische Aktionsbereiche. Die jeweiligen Einzelprojekte lassen sich einem oder mehreren Aktionsbereichen zuordnen.
- Naturwissenschaft und Technik
- Biologie und Umwelt
- Soziales, Wirtschaft und Recht
- Kunst, Musik und Gestaltung
- Kultur und Medien
- Medizin und Sport